نظراً لوعي الأهل بتدريب أطفالهم من ذوي الاعاقة أقل من ثلاث سنوات استحدثت إدارة المركز قسماً للتدريب والتأهيل يخضع فيه الطفل مع والدته لبرامج التدخل المبكر وأساليب التعامل السليم مع الحالة وذلك بالتعاون مع العيادات المختلفة بالمركز من تدريب نفسي وعلاج طبيعي وعلاج وظيفي وعلاج النطق والتخاطب و يتم تعليم الأم فيه طرق التعامل مع طفلها في المنزل لحين وصوله السن الملائمة لدخوله فصول المركز .